117 stories
·
0 followers

HPV Infections: Friend and Foe

1 Share

Biology as we find it is full of Chesterton's Fence situations. That's an analogy that gets trotted out in a lot of political and regulatory situations, but we're dealing with it because we have arrive to sentience and technological agency after several billion years of evolution. I.e., the party has been going on for quite a while before we walked in the door. There's no better way to explain the idea than to go to the man himself, since G. K. Chesterton generally wrote in a peculiarly vigorous and quotable style:

"In the matter of reforming things, as distinct from deforming them, there is one plain and simple principle; a principle which will probably be called a paradox. There exists in such a case a certain institution or law; let us say, for the sake of simplicity, a fence or gate erected across a road. The more modern type of reformer goes gaily up to it and says, "I don't see the use of this; let us clear it away." To which the more intelligent type of reformer will do well to answer: "If you don't see the use of it, I certainly won't let you clear it away. Go away and think. Then, when you can come back and tell me that you do see the use of it, I may allow you to destroy it.

This paradox rests on the most elementary common sense. The gate or fence did not grow there. It was not set up by somnambulists who built it in their sleep. It is highly improbable that it was put there by escaped lunatics who were for some reason loose in the street. Some person had some reason for thinking it would be a good thing for somebody. And until we know what the reason was, we really cannot judge whether the reason was reasonable. It is extremely probable that we have overlooked some whole aspect of the question, if something set up by human beings like ourselves seems to be entirely meaningless and mysterious. There are reformers who get over this difficulty by assuming that all their fathers were fools; but if that be so, we can only say that folly appears to be a hereditary disease. But the truth is that nobody has any business to destroy a social institution until he has really seen it as an historical institution. If he knows how it arose, and what purposes it was supposed to serve, he may really be able to say that they were bad purposes, that they have since become bad purposes, or that they are purposes which are no longer served. But if he simply stares at the thing as a senseless monstrosity that has somehow sprung up in his path, it is he and not the traditionalist who is suffering from an illusion.”

You can see what I mean about the prose style! The man is full of stuff like this - some of it is tremendous and some of it is bizarrely wrongheaded, but it's mostly expressed as if his pen were a magical flaming sword. For that technique applied to fiction, try his The Man Who Was Thursday - I don't think there's anything else quite like it. But you can also see what I mean about evolutionary biology, because there is a lot of bizarre stuff in there once you're able to unpack the details. Of course, the user's manual and annotations are, well, unavailable, so we have to work out what we find on our own. Some things turn out to be wildly well-optimized (and some of them that look stupid and clunky turn out actually to be wildly well-optimized, too). Others aren't quite so impressive, but have hung around because they at least don't do any harm (or not enough to matter for fitness in passing on genes to the next generation). And some of the processes and solutions seem to be hung together in weird, bizarre ways that are absolutely alien to how Anyone Else Woulda Dunnit, but are with us because they worked (even if they were often repurposed from something else entirely), and they worked a long time ago, and they are now imbedded deep into the machinery. It's kind of like how there's still some COBOL code inside a lot of huge business and financial systems.

Case in point: the relationship between humans and human papilloma viruses (HPVs). There are a lot of those (over 200!), because we've been evolving together for an extended period. It is safe to say that every human being on earth is infected with a whole list of these, and the process starts immediate after birth. Broadly, they divide into alpha and beta types, with the alphas infecting mucous membranes and the betas infecting skin epidermis. Several of the alpha types are (famously) associated with some types of cancer - the great majority of all cervical, vaginal, and anal types, some oral, head-and-neck, and others. And this is why the HPV vaccines are such a wonderful idea: they protect against a number of the viral types most associated with the cancers mentioned above. A dramatic example of this showed up recently, thanks to records of the Scottish national health service. Their vaccination program began in 2008, and so far the women who were vaccinated as 12- or 13-year-olds have shown not one single case of cervical cancer. And the rate in women who were vaccinated at later ages was 80% lower than the unvaccinated. Cervical cancer is almost completely preventable through such vaccination programs, and the anti-vaccine activists who have come out against them (such as the dangerous fool nominated to be secretary of HHS) can go to hell.

But what about the beta-HPV types? Well, as mentioned, we all have them. Estimates are the babies are infected almost immediately by their parents, since these viruses are spread by skin contact. There's been a lot of argument over their roles in various types of dermal cancer, and you have to wonder if it could be worthwhile to develop a vaccine against some of the beta-HPV types as well if we can firm up some of those linkages. (It should be noted that the association of the various HPV-alpha types with cervical cancer and the like is far more glaringly obvious from the data).

Here's a new paper that makes the story more complicated. First off, that beta-HPV vaccine idea has a big problem with it: it turns out that the beta-HPVs already set off much more of an immune response than the alpha- ones (which is why you need to stimulate the immune system with a vaccine towards the latter in the first place). Immunocompromised individuals can start to have skin problem with beta-HPVs, but a functional immune system seems to hold them down completely. That's the compromise we've struck over evolutionary time: the beta-HPVs spread all they want, infecting the entire human race, but they don't do much once that happens. (Remember not to assign agency or forethought to these things - viruses are not trying to make you sick or give you cancer. They're trying to reproduce and spread and everything else is downstream of that, and will only be noticed, evolutionarily, if it shows any effect on reproductive fitness).

And because we've all been infected all the time with beta-HPV types, more stuff has grown up around that situation. One of the things that keeps these viruses from doing anything else in the cells is surveillance by p53 (one of the key abnormal-cellular-behavior regulatory proteins). You can lose p53 protection several ways, and for the skin, a key one is damage from the ultraviolet part of sunlight. This new paper (a collaboration between Harvard, Louisville, and Mass General) shows that such p53 ablation allows the beta-HPV to start reproducing and taking over the cellular machinery, and that triggers an immune reponse, preventing clonal expansion of the mutated cells. The lifelong presence of bHPV ends up being a surveillance system for skin cancer!

This all works because of the ubiquitous nature of bHPV infection and its strong immune-response profile: the minute it starts to poke its head up (by increased levels of viral antigen proteins presented on the cell surfaces) it's a sign that something has gone wrong with the normal order of things. What's more, it appears that actinic keratoses (known to be a form of precancerous lesion) actually seem to have lower bHPV levels, which could imply that this monitoring mechanism is then disrupted and that cancerous cells have a better chance to spread in these tissues as opposed to normal skin.

This, then, is a fence against skin cancer. Unlike Chesterton's example, it is not even recognizable as a fence at first, and we have to get to that step to even start on the rest of the discussion. But we should be alert for more of these with the typical commensual viruses and bacteria that we all carry - after all, we've been together for a long time, and a lot can happen!

Read the whole story
spetskal
34 days ago
reply
Share this story
Delete

När det onormala blir normalt

1 Share

Utanför fönstren på den kantiga och tegelröda huskroppen lyser den så berömda solen starkt från en svagt ljusblå himmel. I caféet intill huvudentrén har lunchruschen sakta börjat smyga sig på. Ett sällskap med röda bygghjälmar och knallgula västar passerar förbi – Centralsjukhuset Karlstad genomgår just nu en stor upprustning där vissa delar byggs om, andra rivs och 100 000 kvadratmeter ska byggas nytt de kommande åren.

Fem trappor upp är läget åtminstone på ytan något lugnare. Inne på en av läkarexpeditionerna sitter medicinklinikens fackliga ombud Jakob Skov, överläkare, och Helen Stenbäck, ST-läkare, tillsammans med intensivvårdsläkaren Christofer Lindholm, ordförande för Värmlands läkarförening.

Att sjukhuset, och i synnerhet medicinkliniken, brottas med bristen på vårdplatser är egentligen ingenting nytt. Men alla tre är överens om att det tog en tydlig vändning åt det sämre för snart två och halvt år sedan. Anledningen stavas i grunden covid, menar Jakob Skov.

– Man gjorde saker under covid som hade varit väldigt svåra att göra annars. Till exempel stängde man ner en av våra avdelningar, vilket i princip hade varit omöjligt om det inte varit en pandemi. Efter det har det inte ens varit aktuellt att försöka öppna den, eftersom vi inte ens kan bemanna de avdelningar som finns kvar.

Stängningen fick situationen på medicinkliniken att gå från att vara ansträngd till det som Jakob Skov kallar för ”en acceptans för något som är helt orimligt”. I 20 år har han arbetat på medicinkliniken och sett hur det skett en förskjutning av normalläget.

– En vanlig måndagsmorgon har vi mellan tio och 20 utlokaliserade patienter, säger han och fortsätter:

– Det är patienter som vårdas av sjuksköterskor som naturligtvis har sämre erfarenhet av att ta hand om just deras sjukdomstillstånd. Att tidigt kunna fånga upp signaler på en försämring kräver erfarenhet av den patientgruppen, men den finns ju inte för utlokaliseringar.

En vanlig måndagsmorgon har vi mellan tio och 20 utlokaliserade patienter. Jakob Skov, överläkare på medicinkliniken vid Centralsjukhuset Karlstad

Han pekar också på bristen på kontinuitet som problemet för med sig, när det är en ny doktor och nya sjuksköterskor som möter patienten varje dag, som i sin tur leder till både sämre vård och längre vårdtider.

– Det är ju också någon som ska ronda de här patienterna. Är du på en medicinavdelning finns det tilldelat personal, men när vi har utlokaliseringar tvingas vi gå ifrån något – vi låter bli att göra något för att lösa ett annat problem. Det ger ringar på vattnet.

Förutom att läkaren ska transportera sig genom sjukhuset till en annan avdelning försenas ofta ronden för de patienter som är utlokaliserade, menar han.

– Man kommer till en avdelning där ingen vet när man kommer, eftersom det är svårt att avtala tid när man måste prioritera ordinarie arbetsuppgifter. Sen försöker man hitta rätt sjuksköterska – som ibland är i rond med de egna läkarna. Är det så blir det en diskussion om jag komma tillbaka eller ta patienten nu och låta de vanliga patienterna väntar. Det gör att man väntar med att gå och ronda utlokaliserade patienter till man tror att den egna ronden är slut, så att man slipper det problemet, säger Jakob Skov.

Christofer Lindholm lägger till att det även hackar upp tillvaron för övriga yrkeskategorier på den avdelning där patienten ligger.

– Man står och trampar och stampar för att komma vidare i sitt arbete – allt är så avhängigt av att ronda.

Han säger också att han delar Jakob Skovs bild av hur gränserna för vad som är normalt har förskjutits.

– Man accepterar mer och mer utlokaliserade patienter, men också att patienter får vara kvar på akuten. Förr hade det varit otänkbart.

Helen Stenbäck, ST-läkare på medicinkliniken, och Jakob Skov, överläkare på samma klinik.FOTO: Pär Englund

Helen Stenbäck, som är inne på sitt tredje år som ST-läkare, arbetar största delen av tiden på akutmottagningen. Även hon upplever en tydlig försämring i tillgången på vårdplatser under de år hon varit på sjukhuset, även om det enligt Jakob Skov redan då var bedrövligt. Hon beskriver det som ett sommarproblem som blivit ett åretsruntproblem, och som dagligen tvingar henne till tuffa prioriteringar.

– Om jag står med en svårt sjuk patient på akuten, ska jag då lägga upp den på en avdelning som kanske inte har rätt kompetens eller ska jag ha kvar den på akuten?

– Det där är väldigt svåra frågor. Man vet ju att det inte är bra att vara på en akutmottagning, men du vet kanske också att den avdelning om patienten kommer till inte är helt kapabel för den sjukdomsbilden, flikar Christofer Lindholm in.

Helen Stenbäck fortsätter med att beskriva en annan aspekt av det pressade läget. Att hon på grund av brist på telemetri tvingas besluta om vilken av de patienter som egentligen alla har ett behov av att övervakas, som helt enkelt får vara utan.

– Det är i min värld absurda prioriteringar vi gör, säger hon.

Man accepterar mer och mer utlokaliserade patienter, men också att patienter får vara kvar på akuten. Christofer Lindholm, ordförande för Värmlands läkarförening

Jakob Skov är själv dagbakjour på akuten med jämna mellanrum och återkommer till den förskjutning av normalläget som han sett under sina år på sjukhuset.

– När jag började min bana undersökte man patienter på rummet med stängd dörr, att undersöka dem på triagerum med draperi var tveksamt. Idag är man lycklig om man kan göra det – nu undersöks patienterna i en lång korridor. Det har skett en sådan förskjutning av vad som är normalt att man inte ens använder ett undersökningsrum även om det finns. Det reflekterar inte ST-läkarna över idag, säger han och fortsätter:

– Det är akutsjukvården som blir mest lidande av vårdplatsbristen. Sist jag var dagbakjour var det en patient i 50-årsåldern med ett väldigt allvarligt tillstånd som normalt vårdas på hjärtintensiven som hade legat kvar på akuten hela natten på grund av vårdplatsbrist. Hade det hänt för 15 år sedan hade det blivit ett ramaskri. Men idag är det så det ser ut.

Han upplever också att han som senior läkare blir uppringd av underläkare i betydligt lägre grad nu än för tio år sedan.

– Min uppfattning är att de ofta upplever att det inte är någon idé att ringa. De har slutat hoppas på något mirakulöst råd från oss överläkare om hur de ska handlägga patienter som egentligen behöver läggas in, men som inte kan erbjudas plats, och vi har sällan handlingsutrymme att hjälpa dem. De fattar ett beslut som egentligen borde vara taget högre upp i organisationen och politiskt förankrat: Vad ska vi göra när vi har begränsade resurser?

Christofer Lindholm, ordförande för Värmlands läkarförening och ledamot i Läkarförbundets styrelse.FOTO: Pressbild

De tre är överens om att det saknas prioriteringar från politiskt håll – ”man vill ha allt, men vill inte fatta de skarpa besluten” – och att det måste finnas övergripande direktiv för vilket utbud som Region Värmlands invånare kan förvänta sig. Det finns till exempel ett sparbeting på medicinkliniken som motsvarar kostnaden för en av de öppna avdelningarna. Enligt Jakob Skov är det fullt möjligt att bedriva betydligt billigare vård – bara man i verksamheten får tydliga riktlinjer för veta vad det är som ska plockas bort.

Christofer Lindholm tycker att man borde vända på tankebanorna och utgå från de pengar man faktiskt. Vilken vård måste finnas och vilken måste inte finnas, även om det skulle vara önskvärt?

– Om man börjar i den änden får man en annan syn. Nu plockar man lite här och lite där utan att ha överblicken, då blir det sällan bra, säger han.

Det är i min värld absurda prioriteringar vi gör. Helen Stenbäck, ST-läkare på medicinkliniken

Daniel Schützer (S), ordförande i hälso- och sjukvårdsnämnden i Region Värmland, säger att han är medveten om de problem som Centralsjukhuset Karlstad brottas med. Också att utlokaliseringar innebär en patientsäkerhetsrisk. När budget för 2025 las har därför tre prioriterade områden pekats ut som mål för extra satsningar – 147 miljoner extra läggs på att få bukt med vårdplatsbristen, primärvården får 92 miljoner och psykiatrin 65 miljoner.

– Målet är att vi ska minska både överbeläggningarna och utlokaliseringarna. I slutänden är det det jag som politiker kan göra, att tillföra mer resurser. Sen ska det kunna gå att rekrytera rätt kompetens, men det är ingenting som man löser pang boom, säger Daniel Schützer och fortsätter:

– Det är något vi behöver jobba med under en lång tid och därför är den här satsningen en permanent ökning av budgeten. Vi kommer att behöva vårdplatser imorgon, nästa år och om fem år också.

Lönen är en hygienfaktor för att kunna locka fler till Region Värmland, menar han. Det går helt enkelt inte att ligga lägre än grannregionerna. Men att kunna skapa en hållbar arbetssituation för personalen är än viktigare.

Daniel Schützer (S), ordförande i hälsooch
sjukvårdsnämnden i Region Värmland.
FOTO: Pressbild

– Man ska kunna gå hem från jobbet och känna att man har kunnat ge patienterna den vård som de förtjänar. Och det är ju när vi har överbeläggningar och utlokaliseringar som personalen känner att de vill byta jobb, därför måste vi bryta den nedåtgående spiralen.

När det gäller att prioritera vilken vård som Region Värmlands invånare faktiskt kan förvänta sig, om resurserna inte räcker till, är Daniel Schützer tydlig. Det är inte den väg han tycker att man ska gå.

– Om vi bara ger ett basutbud i den offentliga vården så kommer de som har en stor plånbok kunna köpa sig vård i det andra utbudet. Då får vi ett samhälle där vissa har tillgång till lite vård och andra till mycket. Det vill inte jag. Finns det ett behov så ska den offentligt finansierade systemet tillgodo se det.

Och då ska sjukvården resurssättas utifrån det för att ändå kunna vara hållbar?

– Ja.



Read the whole story
spetskal
35 days ago
reply
Share this story
Delete

Finland’s Bible tweet trial should trouble us all

1 Share

Article URL: https://www.spectator.co.uk/article/finland-s-bible-tweet-trial-should-trouble-us-all

Comments URL: https://news.ycombinator.com/item?id=30898828

Points: 2

# Comments: 0

Read the whole story
spetskal
1023 days ago
reply
Share this story
Delete

xkcd: Unknowable truth

1 Share

xkcd makes Statistics so fulfilling. George E. P. Box comes to mind.

Tags: ,

Read the whole story
spetskal
1120 days ago
reply
Share this story
Delete

Saturday Morning Breakfast Cereal - Minimalism

2 Shares


Click here to go see the bonus panel!

Hovertext:
This is known as kondocosmology.


Today's News:
Read the whole story
spetskal
1198 days ago
reply
Share this story
Delete

More Thoughts on the Axiom of Choice

1 Share

I got a lot of good, interesting comments on my recent post on the axiom of choice (both on the post itself, and in this very good Hacker News thread). I wanted to answer some common questions and share the most interesting thing I learned.

Can’t we just pick at random?

A lot of people asked why we can’t just avoid the whole problem of the axiom of choice by picking set elements randomly. Because obviously we can just make a bunch of random choices, right? If there’s no limit to what the choices have to look like then there’s no problem.

If you believe that, then you believe the axiom of choice. “We can pick some element from each set, without being fussy about which one we get” is just what the axiom of choice says. And that’s fine. A lot of people believe the axiom of choice! But it’s not an alternative to the axiom of choice; it is the axiom of choice.

The fact that this “just pick at random” idea seems so facially compelling, or “obvious”, is a big part of why many mathematicians want to accept the axiom of choice. It just seems like we should be able to make a bunch of choices at once, if we’re not picky about which choices we make. It’s only when they are shown the really bizarre implications of getting to make those choices that most people start questioning whether the axiom makes sense.

Why do we want to believe the axiom of choice?

Another recurring question asked why we should want to believe the axiom of choice. It has a lot of bizarre consequences. In the last post I argued that those consequences aren’t as troubling as they seem, but they’re still weird. Why can’t we just dumpster the axiom of choice and avoid all of them?

One reason is the intuitive plausibility of the “just pick at random” idea. The goal of an axiomatic system is to formalize our list of “basic moves we should be able to make”. The ZF axioms include things like the axiom of extensionality, which says that two sets are equal if they have the same elements, and the axiom of pairing, which says that if \(A\) and \(B\) are sets then we can talk about the set \( {A,B } \). These aren’t weird exotic ideas. They’re just things we should be able to do with collections of things. They’re part of the intuition that the word “set” is trying to formalize.

You could see the axiom of choice as something like this—something in our basic, intuitive understanding of what a “set” is, that pre-exists formal definitions. It’s pretty easy to convince people that “choose an element from each set” is a reasonable thing to be able to do. The only problem is that it leads to absurd results like Banach-Tarski or the solution to the Infinite Hats puzzle. But if we satisfy ourselves that those absurdities aren’t a real problem, we return to “this seems like a thing we should be able to do”.

But really, why do we want to believe the axiom of choice?

On the other hand, that’s not a very strong reason to really care about the axiom of choice. At best, that leaves us at “why shouldn’t we, it doesn’t hurt anything”, which could just as easily be “why should we, it doesn’t help?” We care about the axiom of choice, and put up with the peripheral weirdness, because it lets us prove a variety of other results we care about. These include:

  • Every Hilbert space has an orthonormal basis (so we can put coordinates on function spaces);
  • Every field has an algebraic closure (very important in number theory—in my research I often wanted to talk about “the algebraic closure” of some large field, and that implicitly relies on the axiom of choice);
  • The union of countably many countable sets is countable;
  • The Hahn-Banach theorem (lets us extend linear functionals and guarantees that dual spaces are “interesting”);
  • Gödel’s completeness theorem for first-order logic;
  • The Baire category theorem, which I don’t even want to try to summarize but which shows up constantly in functional analysis.

All of these results are really useful in their respective fields, and we need the axiom of choice to prove them. And that’s a true “need”: these are all provable from ZFC but not from ZF.

These statements aren’t equivalent to the axiom of choice. If we wanted, we could take the above list as a list of new axioms to attach to ZF, and then we wouldn’t be stuck with choice. But that is a really strange and ad-hoc list of foundational axioms. It feels much better to take the one axiom—the axiom of choice, which is reasonably foundational and sounds plausible enough on its own—and get all these consequences for free.

Shoenfield’s Theorem: You only need the axiom of choice for weird things

But the coolest thing I learned about after writing the last post is Shoenfield’s Absoluteness Theorem. The statement of this theorem is pretty dense and I don’t think I completely understand it, but it has really nice implications for the axiom of choice.

In the last post I said that the axiom of choice just doesn’t cause problems as long as we’re not getting too far away from finite sets. This applies even to half the results in the previous section.

  • We need the axiom of choice to show that every field has an algebraic closure, but not to show that the rationals do.
  • We need the axiom of choice to show that every Hilbert space has an orthonormal basis, but not to show that Fourier theory gives an orthonormal basis for \(L^2([-\pi,\pi])\).
  • We need the axiom of choice to prove the Baire Category Theorem for every complete metric space, but not to prove it for the real numbers or the real function space \(L^2(\mathbb{R}^n)\).

Shoenfield’s theorem helps tell us exactly when the axiom of choice is actually going to matter.

In the last post we talked about models of the ZF axioms, which are collections of sets that obey all the rules. Given a model, Kurt Gödel defined something called the constructible universe, which is a sort of smaller model, contained in the original model, which can be built up explicitly from smaller pieces. The constructible universe usually doesn’t contain everything in the original model, but it will in some sense contain all the simple explicitly describable things in the original model.

But the constructible universe has some extra nice properties. One is that the constructible universe will always satisfy the axiom of choice, even if the original model did not!1 Specifically, since we construct the universe in a specific order, everything we’ve constructed can be well-ordered, which implies the axiom of choice. So any theorem that relies on the axiom of choice is automatically true as long as we’re only talking about sets in the constructible universe.

Shoenfield’s theorem extends that result even further. If you have a sufficiently simple question (for a precise definition of sufficiently simple), then the original model and the constructible universe must give the same answer. Since the axiom of choice always holds in the constructible universe, the answers to these simple questions can’t depend on whether you accept the axiom of choice or not.

What does that mean? Any simple-enough result that you can prove with the axiom of choice, you can also prove without it. That includes everything about Peano arithmetic and basic number theory, and also everything about the correctness of explicit computable algorithms. It also includes \(P = NP\) and the Riemann Hypothesis, and a number of other major unsolved problems.

There are questions that the axiom of choice really does matter for. But Gödel and Shoenfield’s results show that they have to be pretty far removed from anything finite or concretely constructible. So in practice, we can use the axiom of choice as a tool to make our work simpler, knowing that it won’t screw up anything practical that really matters.


Do you have other questions about the axiom of choice? Another cool fact I don’t know about? Or some other math topic you’d like me to explain? Tweet me @ProfJayDaigle or leave a comment below.


  1. This is how Gödel proved that the axiom of choice must be consistent with the ZF axioms: the constructible universe gives us a model of ZF that also satisfies the axiom of choice. 

Read the whole story
spetskal
1273 days ago
reply
Share this story
Delete
Next Page of Stories